凈化工程存在著一些問題，下面是我們經常會碰到的一些問題：
1、 靈活性不足，生產工藝難以調整
這種情況在電子行業居多。目前潔凈室多以金屬壁板做隔斷及吊頂。風口在金
屬壁板上開孔安裝，燈具則直接安裝于金屬吊頂下，這樣的安裝方式很難改變。電子行業由于技術發展極為迅速，一種產品或生產工藝幾年之內就可能淘汰，原有的廠房需要重新布局以適應新的生產工藝，而潔凈室恰恰已很難改動。
2、 能耗大，初投資及運行費用上升
這種情況也多見于電子行業。多數電子廠房規模大，生產廠房往往幾萬平方米,甚至更大。其中大部分可能是潔凈室。目前國內凈化空調系統以常規凈化空調機組加上送回風管及末端的HEPA或ULPA組成。因廠房面積大，送回風管很長，送風機壓頭必然選得較高，造成空調系統用電量大，運行費用高。而在我國目前供電系統尚處于壟斷經營的局面下，一個廠房如果用電量太大,業主就需要建造一座變電站,投資巨大。
3、 吊頂上空間緊張，管線布置、施工均困難
在眾多的改建工程中，層高偏低是一個普遍的現象。而對于一個潔凈室來說，有著眾多性質的各種管線，如送風管、排風管、冷卻、冷凍水管、純水管、壓縮空氣管、各種工藝氣體管、消防管、電纜橋架等，不僅管線眾多，而且往往相互交錯。如果層高太低，管線的布置及施工將變得非常困難。各種管道往往必須互相繞開，風管必須做得很扁，導致管材的浪費，也增加了流動的阻力。
以上三個問題是常規集中送風凈化系統不能回避的問題。
